Мир шиноби. Страна огня. Коноха. Лидер преступной организации - Пейн внезапно нападает на селение. Паника. Никто не знает что делать. Отважные шиноби Конохагакуре пытаются спасти мирных жителей от ужасной и, почти, неминуемой смерти.
И тут, Пейн получает известие: все, якобы, умершие члены организации живы и собрались в логове. Понимая, что всё-таки Наруто нет в Коноху, Пейн покидает её, оставляя селение в руинах.
В это время между членами организации завязываются неприязненные до нельзя отношения, а отсутствие лидера только усугубляет положение.
Коноха в полном упадке. Селение в руинах, погибло много людей. Хокаге пытается принять какое-то здравое решение, а Данзо строит козни на стороне. Какаши жив, но ранен слишком серьёзно и медики борятся за его жизнь. Саске не может больше сидеть на месте и ищет способы уйти из под опеки Мадары.
Джирайя оказывается жив и наконец набравшись достаточно сил, возвращается в Коноху.
Что же происходит в организации? Какое решение придёт в голову Учихи, когда он узнает правду от выжившего брата? Что же будет с Конохой?